Tras varios meses un equipo multinacional de investigación, liderado por Grecia, ha realizado el informe sobre las circunstancias que provocaron ese fatal accidente. Ahora se sabe que la causa del accidente fue una configuración incorrecta de la aeronave durante el despegue, debido a que uno de los interruptores para compensar el timón de cola estaba en una posición de máxima compensación hacia la derecha. Este hecho no fue advertido por la tripulación del caza, ya que este dispositivo no se encuentra en el campo de visión de ninguno de los pilotos, ni existe una señal visual o sonora de advertencia sobre la configuración errónea.
Tras el despegue, el ángulo incorrecto de compensación afectó de manera inmediata a la aerodinámica del caza. Además se añadieron otros factores críticos como que fuera un avión biplaza, el peso al despegue, la configuración asimétrica del avión, tanques de combustible externos llenos y un viento cruzado de 7,8 nudos, elementos que produjeron una situación tan inusual como peligrosa.
Dado que la situación que se produjo estaba fuera de las incidencias previstas, ni el entrenamiento de los pilotos helenos ni los sistemas de seguridad de vuelo permitieron gestionar la situación a un nivel adecuado.
El informe no aclara la causa del desplazamiento inadvertido del interruptor a una posición incorrecta, pero una de las posibilidades podría haber sido un objeto que estuviera suelto en el interior de la cabina.