En la Base se ha construido un nuevo edificio ex profeso para albergar al Área de Operaciones del MOPS, incluyendo un Centro de Operaciones Conjuntas, que contará con los más modernos medios de mando y control para la conducción de las operaciones. El edificio cumple los más exigentes niveles de eficiencia energética y accesibilidad. Por sus dimensiones, permitirá el crecimiento del MOPS, acorde con el incremento de sus cometidos. El Comandante del MOPS y su Secretaría, así como el Área de Apoyo, se ubican en otros dos edificios de la base.

De esta forma, ya se encuentran reunidos en la Base de Retamares, antiguo Cuartel General de la OTAN en Madrid, el Mando de Operaciones, el Centro de Inteligencia de las Fuerzas Armadas y el Mando Conjunto de Ciberdefensa. El propio Comandante del MOPS, almirante Teodoro López Calderón, se convierte en Jefe de Base, auxiliado por una Unidad de Apoyo General.