Desde la llegada de Morenés al Ministerio de Defensa, su relación con el sector armamentístico no ha estado exenta de polémica. Tras ganar Mariano Rajoy las elecciones generales en noviembre de 2011, Pedro Morenés juró como ministro de Defensa un 22 de diciembre. Un mes después, se enfrentó a su primera Comisión de Defensa en el Congreso de los Diputados, una cita en la que ERC y UPyD pusieron sobre la mesa sus dudas sobre la idoneidad de que el titular de esa cartera tuviera su pasado más reciente precisamente en empresas relacionadas con ese sector.
No en vano, el Boletín Oficial del Registro Mercantil (BORME) daba cuenta de que el nombre de Morenés había estado vinculado concretamente a Instalaza SA hasta el 4 de octubre de 2011. Unos datos que puntualizó el ministro.
Morenés relató a los miembros de la Comisión de Defensa del Congreso de los Diputados que había sido consejero de Instalaza "del año 2005 al año 2007, como consta en el Registro Mercantil, abandonando la empresa en el año 2007". Estos datos cuadran. Lo que el ministro obvió por estas fechas es que cuando cesó como consejero de Instalaza, su lugar lo ocupó una sociedad denominada Boguillas SL, firma que tenía como socio único y administrador único al propio Morenés.
Pese a que la baja de Boguillas SL como consejero de Instalaza y de Morenés como su representante no fue publicada en el BORME hasta octubre de 2011, Morenés sostiene que su desvinculación de Instalaza se produjo el 30 de marzo de 2009. Así consta en su declaración a la toma de posesión, un documento de la oficina de conflictos de interereses con fecha de entrada del 1 de marzo de 2012.
En una anotación ampliatoria, el ministro de Defensa asegura que salió de esta empresa el 17 de marzo de 2006, pero que ese mismo día fue designado representante de Boguillas SL en la misma. Y que el 30 de marzo de 2009 presentó su dimisión como consejero de Instalaza y que así consta en una certificación del Registro Mercantil que se acompañaba junto a su declaración.
Instalaza denunció al Gobierno de Zapatero
En 2010, Instalaza denunció al Gobierno reclamando más de 40 millones de euros en concepto de desagravio por la prohibición del uso, almacenamiento y fabricación de las bombas de racimo en España como consecuencia de la firma del Tratado de Dublín.
Recientemente, la Audiciencia Nacional dio la razón al Gobierno y rechazó la indemnización que reclamaba esta empresa armamentística con sede en Zaragoza.